Zgodnie ze Statutem ZS nr 35 organami szkoły są:
1. Dyrektor
2. Rada Szkoły
3. Rada Pedagogiczna
4. Rada Rodziców
5. Samorząd Uczniowski
Szczegółowe kompetencje organów szkoły określa Ustawa z dnia 14 grudnia 2016 r. Prawo oświatowe (Dz.U.2020.910 t.j., z późn. zm.).